军事学院的落址很快就选好了，是位于东郊的一座幽静的院落里，占地面积极大，最为难得的就是此处有一处大为宽敞的后花园，沈墨翰命人把花园里的花草全部都移走了，在中间留下一个巨大的场地，场地的四边分别放着武器架、弓箭靶、石磨等用来锻炼力量的东西，形成了一个巨大演练场。
演练场的东面是学生上课的地方，分为阵法、谋略、战略、武艺、后勤、杂学、统率七个院落，依次相对七门课程，南面就是老师住的地方，由于现在学生少，老师也少，多数的空房间都被拿来当仓库用了。
北面则是学生住的地方，当初改造的时候设计的也比较周全，有提供给高级将领培训和学习住宿的单间，提供给普通将领的双人间，还有提供给军队士兵进修用的四人间，大多数都是给普通学子提供的八人间，在房间的尽头还特别建了一座澡堂，毕竟这里是军事学院，武术是最基本的东西。
西面中间大门把整个院落分成两面，南面是管理处和礼堂，北面则是饭堂，供学院的老师和学生吃饭。
第一批的三百个学生分成了三个班，每班一百人，每天早上和下午各一节课，这阵法和统率两课就由王升来教，毕竟王升世出将门，通晓古近各中阵法和行军要素。
谋略一课则由吴用来担当。
战略本来蒋嵩是比较合适的人选，但是因为蒋嵩远赴登州，一时间又找不到合适的代理人，只好沈墨翰亲自来教。
后勤一课则由刚刚归降的陈晋来担当。
至于这武艺由于涉及太广，加之每个人的身体条件和资质又不相同，沈墨翰决定实行基础加专项的模式，也就是说每个学生都开始要学习基础武术，这其中包括基本的一些拳脚和兵器功夫，身体上的锻炼，骑术，箭术和一些武术上的理解，等学院通过考试之后，可根据自己的能力和兴趣爱好，选择一些适合自己的武术，也就是专项武术。
专项武术包括拳脚类，刀剑类和枪戬类三大部分，拳脚则由鲁智深、武松为教头；刀剑类则由杨志、逍遥无忧为教头；枪戬类则由林冲和关胜为教头。
这基础武术则史进、吴璘和索超为教头，箭术花荣为教头，骑术董平为教头。
最后这杂学一门，沈墨翰则重金聘请了各地的向导当做风景游历般讲给学生们听，甚至请人拜访了各地的老农，搜集了大量关于天气和地理方面的资料，然后整编成书放在库房里给学生观看。
至此，三大学院圆满落成。
在三大学院落成的同时，沈墨翰也同时宣布，废除以前的科举制度，朝廷各个部门会视其人员构成，每年将会在三大书院征召相应的官员，考试的方法也完全取消的以前的一锅端的模式，由各个部门的官员自行商议考题，然后送交朝廷，朝廷审议通过之后，然后派遣专门的人员在三大书院举行征招考试，三大书院的学子可根据自己的能力和爱好，参加朝廷各个部门举办的征兆考试，至此各个朝代一直奉行的科举制度被沈墨翰的教育体系完成取代，
同一时间，沈墨翰整合了济州和登州所有的书院和私塾，把其中一些较大，在当地有些名气的书院和私塾整合起来，那些较小的私塾则统一拆除收编，在济州和登州各留四所，只录取十五岁以上的学子，当然是要经过考试的，考试合格者方可入院就读，除了一般普通学校必修的课程之外，统一都加上一门新的课程基本武术，这八所学院称之为中院，中院每年都会进行一次大考，不论年纪和资历出身，只要是考试合格者，可凭借成绩和兴趣就读国学院和军学院。
另外在登州和济州两地，各建立八所小型私塾，也就是“小院”，只录取八岁以上的学子，同样除了一般普通学校必修的课程之外，统一都要加上一门新的课程基本武术，小院每年同样都会进行一次大考，不论年纪和资历出身，只要是考试合格者，可凭借成绩和兴趣就读济州和登州八所中院中的任何一所。
另外沈墨翰还抽出排卖盐税所得款项中的一小部分，在济州和登州分别成立了两所特别的书院，这个学院的学生与其他学院所不同的就是入读的学生一律不收取任何费用，而且书院还包揽学子在书院的一切开支，直到学子离开学院为止，书院同样会每年大考一次，不论年纪和资历出身，只要是年满八岁以上者皆可报名，只要是通过考试者就可入学就读，同样书院对学子也有着严格的要求，凡入读本院的学子，满五年者必须离开书院，同样成绩优秀者可免考直接入读国学院或者军学院，这两个学院称之为“特院”。
“特院”的成立立刻可以说为一些有天份的穷苦百姓提供了一条走上成功的路，不用交学费，学院还提供吃住，成绩好的还能直接入三大书院，然后做官，到时候就不在是穷苦百姓了，就算考不上三大书院，一个穷人的孩子从八岁入学，五年之后就年满十三岁了，离开书院之后也能够从事一些工作赚取银两了，而且最后不管成绩怎么样，经过书院五年的学习，其文化知识要比一般的百姓高上许多，别看这录取的人不多，但是积少成多，对提高整个百姓的文化水平有着巨大的作用，但是话又说出来，能入“特院”的人，其能力恐怕要比普通人高上许多，五年之后离开书院，恐怕碌碌无为者少之又少。
至此，沈墨翰的教育体系初步完成，一个人八岁入读“小院”，通过小院学习，然后入读中院，再是大院，最后是朝廷，而且不分年龄和资历，只要你有能力，那怕你八岁入学，九岁通过中院的考试，十岁通过大院的考试，十一岁被朝廷录取也有可能，同样你三十岁通过中院的考试，五十岁通过大院的考试，七十岁通过朝廷的考试，也照样被朝廷录取。
种子已经完全种下，只等待收获的那一天。
